Ｈ２６年度税制改正では、ＮＩＳＡの利便性向上のため、非課税期間内におけるＮＩＳＡ口座開設金融機関の毎年の変更や、ＮＩＳＡ口座を廃止した場合の再開発を可能とする改正が行われた（新措法３７の１４等）。
金融機関を変更しようとする年にＮＩＳＡ口座に上場株式等を受け入れていない場合に金融機関を変更でき、ＮＩＳＡ口座を廃止した年に上場株式等を受け入れていた場合は翌年以降に再開設が可能となる
これらの改正はＨ２７年１月１日以後に提出する金融商品取引業者等変更届出書又は非課税口座廃止届出書について適用される

Ｈ２６年度改正を受け、今回の改正措通では、郵便等により提示された確認書類を５年間保存する起算日について、非課税適用確認書の交付申請に係る確認書類と非課税口座開設届出書に係る確認書類にそれぞれ区分した。